即使在良好的技术与实验室的质量控制下，仍有10% ~ 30%的胚胎可能在冷冻解冻的过程中损失，这与冷冻时胚胎的品质及胚胎发育期有关。在冷冻前胚胎若无碎片(fragment) 存在，並且细胞透明而对称，表示胚胎的质量良好，解冻后的怀孕率较高。而若冷冻时，胚胎正处于细胞分裂的间隔期 (interphase) 之个数细胞期 (2, 4, 或8个細胞)，此时胚胎较为稳定，比较不容易受到冷冻伤害。相反的，假如胚胎处于正在分裂当中的奇数细胞期(3, 5, 或7个细胞)，因细胞內有纺锤体的产生，而且染色体正在复制中，不耐环境溫度的剧烈变化，胚胎的伤亡率较高。
