由于重度男性不孕症患者其染色体异常比例为5.1%(正常男性染色体异常比例为0.4%)， 所以利用这种技术所生产的胎儿其染色体异常比例为2%，其中1%为性染色体异常(正常怀孕有0.14%性染色体异常)，1%为体染色体异常(正常怀孕有0.25%体染色体异常)， 出生婴儿重大缺陷有3%(与自然怀孕出生婴儿相同)，重大缺陷是指器官机能不正常或需手术治疗的缺陷。利用ICSI技术怀孕的胎儿 染色体异常比例(2%)稍高于自然怀孕胎儿染色体异常比例(0.4%)，所以怀孕早期最好能做绒毛取样或羊水取样检查胎儿染色体是否异常。
