下列先天性发育异常可导致男性不育症：
（1）先天性小阴茎：阴茎是男性的性交器官，先天性阴茎发育异常均可影响性交活动，严重者将导致不育。先天性阴茎发育异常并不多见，临床常见的有先天性阴茎不发育、隐匿阴茎、异位阴茎和小朋茎。先天性阴茎不发育、隐匿阴茎，临床上表现为无勃起和性交能力，这种罕见的先天性发育异常对治疗男性不育症已无临床价值。异位阴茎多伴有尿道下裂，临床上在治疗尿道下裂的同时可做矫正手术。
先天性小阴茎是造成男性不育的一种重要的先天性阴茎发育异常疾病，指男性进入青春期后阴茎仍处于儿童型状态，阴茎外形正常，只是阴茎过小，长度小于5厘米，多伴有睾丸异常和其他潜在的内分泌功能不足。
（2）尿道下裂：男性尿道是精子排出体外的必经之路，正常开口于阴茎头的前中部，这种解剖位置有利于性交时将精子射入女性阴道内，使之有机会受孕。若尿道开口发生先天性异常，一则妨碍性交，二则虽有性交活动也不能将精液射入女性阴道内，以致不育。男性尿道开口异常较常见的有尿道上裂和尿道下裂两种。尿道下裂较常见，据统计约每1000个出生男婴中有8例，而尿道上裂较少见，每95000个出生婴儿中约有1例。尿道下裂根据尿道开四位置不同分为冠状沟型、阴茎型、阴茎阴囊型和会阴型．其中冠状沟型多见，约占87％。
（3）隐睾：详见“隐睾症为什么会影响生育？”。
