正如产前诊断中的绒毛活检或羊水穿刺一样，胚胎活检为植入前遗传学断（PGD）提供可检测的遗传物质。然而，PGD在胚胎活检安全性的研究尚欠缺的时候已经被广泛使用。临床资料中移植胚胎的选择还受到是否携带致病基因的限制，导致很多情况下形态学评估提示优质的胚胎不能被移植，这也模糊了胚胎活检对胚胎活检对胚胎发育潜能影响的临床观察。
目前胚胎活检主要在受精后第三天的8细胞期进行，其步骤包括透明带打孔和卵裂球洗出。辅助孵出的临床资料中透明带打孔并不影响妊娠率，反而可提高反复种植失败和高龄妇女的妊娠率。但透明带打孔的方法和孔径的大小等尚未有明确的规定。
卵裂球吸出对胚胎发育安全性的影响可分为近期影响和远期影响。卵裂球吸出后胚胎的总遗传物质减少1／8。早期的研究中8细胞胚胎活检减少了囊胚的细胞数，但不改变内细胞团和滋养外胚层细胞的比例。然而，在小鼠胚胎中已经证实在8细胞卵裂球已经有极性，活检1个细胞可能破坏其极性，导致胚胎发育受影响。但在人类胚胎的研究中，胚胎极性一直未被证实。应用覆盖26504个基因的芯片分析5~8细胞期人类胚胎的每个卵裂球的基因表达的研究中，也未能发现5~8细胞人类胚胎的卵裂球存在积极性发育。
卵裂球活检对胚胎的远期影响即对妊娠后个体发育影响。1990年诞生的全世界首例PGD婴儿现22岁，还远未到老龄。但是小鼠胚胎活检模型提示胚胎活检可能对成年后精神系统退行性疾病的发生有影响。目前虽然对PGD儿童进行的流行病学调查未提示胚胎活检影响发育，但模式动物的结果也给我们敲响警钟。随着囊胚玻璃化冷冻的日趋成熟，囊胚期活检可能取代卵裂球期活检成为今后的发展方向。
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