qPCR分析
提到qPCR的分析,我们当然不能忘了金标准的TaqMan Assay。TaqMan? Non-coding RNA Assays是基于久经考验的TaqMan?分析技术,借助现有TaqMan? Gene Expression Assay的设计渠道,来生成分析,以便准确检测非编码RNA靶点。据介绍,Life Tech提供近25,000个TaqMan Assay,特异针对人、小鼠和大鼠的lncRNA目标。
Life Tech在lncRNA分析的整个流程提供了丰富的产品,从RNA分离到逆转录,从qPCR到数据分析,详见下图。欢迎索取详细资料。
lncRNA的功能分析
就lncRNA的功能分析而言,siRNA是大家常用的工具。不过,Exiqon公司提供了一种更先进的工具。LNA? longRNA GapmeR提供了RNase H介导的lncRNA的高效沉默。它的结构中间为一段DNA分子,两侧由LNA修饰的核苷酸封闭。这种LNA碱基的设计增加了寡核苷酸与靶标的亲和性及其本身对核酸酶降解作用的抵抗性,而中间DNA gap结构的作用却恰恰相反,它激发了RNase H的活性,在DNA与靶RNA结合的部位进行剪切。
与传统的siRNA方法相比,单链的反义寡核苷酸(ASOs)除了能够激发RNase H的活性,脱靶效应也更低(因为没有“过客链”(passenger strand))。这种ASOs也能有效地作用于核内的靶RNA,这样就更有利于对核内lncRNA的功能进行研究。
新一代测序
在lncRNA的发现阶段,新一代测序平台无疑是人们最得力的助手,而许多新的发现也正是来源于此。如今,人们正利用Illumina、Life Tech和454的新一代测序技术来研究非编码RNA表达。
斯坦福大学医学院的研究人员曾利用高通量测序技术,对64个肿瘤样品进行了已知lncRNA和新颖的基因间转录本的研究。他们首次绘制出多个癌症的lncRNA表达谱,并鉴定出多个在不同癌症类型中差异表达的区域,它们有望成为重要的癌症标志物。
若实验室没有高通量测序仪,也不用着急。华大科技最近推出了长链非编码RNA测序服务。lncRNA-Seq使用特定方法降低样本中rRNA的丰度,然后对富集到的RNA进行文库构建、测序及分析,从而快速、全面、准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关的lncRNA信息。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制。更值得注意的是,lncRNA-Seq可以助力科学家对新的lncRNA进行预测及分析。
lncRNA这个全新的世界正等待着我们去探索。尽管我们对它的了解有限,工具也有限,但正是如此,才有可能抢先占领制高点,发表漂亮的文章。